为了提升研究水平和科研实力，黄河三角洲生态环境研究中心积极与省内外高校科研院所开展广泛深入的合作研究。先后与中科院生态环境研究中心、北京师范大学、中科院青岛生物能源与过程研究所、中科院烟台海岸带研究所等高校、科研机构联合共建了“能源生物培育基地”、“生态环境研究基地”、“湿地生态过程研究中心”和“黄河三角洲滨海湿地生态研究基地”4个科研合作平台。